Objetivo: Diseñar un sistema de costo por órdenes para la correcta fijación de precios del servicio en un laboratorio clínico. Metodología: El diseño de la investigación es exploratoria cualitativa de estudio de caso; la técnica utilizada para dicha recolección de datos fue la entrevista, observación directa y análisis documentario. Resultados: La puesta en práctica de la estructuración de costos ha permitido conocer los costos del servicio para la toma de decisiones. Conclusión: Son pocas las empresas de servicios que establecen sistemas de costos, entre ellas se encuentra el laboratorio clínico objeto de estudio, por ello fue necesario llevar a cabo un diseño de costos por órdenes, de tal manera que la administración pueda tomar las mejores decisiones en base al costo del servicio, en la determinación de los precios de venta, la contabilización como proceso de control y el análisis de la utilidad.