La investigación tuvo como objetivo determinar la cantidad de biomasa y su contenido de carbono almacenado en los sistemas agroforestales de café (Coffea arábica) en el cafetal de la Universidad Nacional Agraria de la Selva de la Facultad de Agronomía, en la Divisoria; y estimar la captura de carbono en los componentes en cada Sistema de Uso de la Tierra, y el almacenamiento del carbono en un suelo Inceptisols. El trabajo se realizó en 2 etapas, en la primera fase de campo, se trazaron 3 transectos en el cafetal de 5 hectáreas para luego realizar las evaluaciones correspondientes; y en la otra fase de laboratorio se realizaron algunos procesos de determinación de carbono. La biomasa aérea en árboles vivos fue de 148.10 t.ha-1, la biomasa del café fue de 51.39 t.ha-1, la biomasa de hojarasca 12.49 t.ha-1 y la biomasa arbustiva fue de 7.45 t.ha-1 haciendo una biomasa total en el SAF con café de 219.43 t.ha-1. Asimismo, el carbono almacenado en la biomasa en los arbustos fue de 0,95 t C.ha-1; en las hojarascas de 1.90 t C.ha-1, en el café 8.42 t C.ha-1, en el componente arbóreo 25.17 t C ha-1 y en el suelo 148.24 t C.ha-1, con un total de carbono almacenado en el SAF con café de 184.68 t C.ha-1. La mayor captura de carbono total almacenado se dio en el ecosistema terrestre (suelo) con 148.24 t C.ha-1 y la menor captura fue el componente arbustivo con 0,95 t C.ha-1. La edad del cultivo de café es un factor que influye en el secuestro y almacenamiento de carbono, siendo necesario determinar la curva de mayor almacenamiento de dióxido de carbono.